Ancak bu Beyazıd ve Selim’in büyük savaşı değil. Şehzadeler anneleri Hürrem’in 1558 yılı Nisan ayında ölmesinden sonra büyük bir savaşa girecekler. Babası Sultan Süleyman tarafından Amasya’ya gönderilen Beyazıd, eski sancağı Kütayha’da kalmak istedi. Ancak babasının zoruyla Amasya’ya gitti. Babasıyla arası bir türlü düzelmeyen Beyazıd, ordusunu güçlendirmekle uğraştı. Kanuni ise yeni bir savaşın olabileceğini görerek, Selim’e asker toplamasını söylemiş ve yardım için de Sokullu Mehmet Paşa’yı yanına yollamıştı.
Beyazıd ise ordusunu güçlendirdikten sonra Selim’le çarpışmak için sefere çıktı. Ordusuyla birlikte Ankara’ya gelen Beyazıd, 29 Mayıs 1559′da Konya yakınlarında Selim’in ordusuyla savaştı. Her iki taraftan da binlerce Müslüman askerin can verdiği savaş 2 gün sürdü. Ancak Sokullu’nun yardımıyla düzenli bir ordu kuran Selim’in ordusu karşısında Beyazıd’ın askerleri başarılı olamadı ve yenildi. Savaşın ardından Amasya’ya dönen Beyazıd, kendisi hakkında isyan çıkardığı için öldürülmesinin vacib olduğu fetvası çıkartan Kanuni’den af dilemişti. Ancak babası Beyazıd’ın af isteiği redderek yakalanmasını istedi. Bunun üzerine Beyazıd yanına oğullarını da alıp Temmuz ayında Amasya’dan çıkarak İran’a sığındı.
BEYAZID’IN İRAN GÜNLERİ
Kanuni’nin düşmanı Şah Tahmasb, bir şehzadenin kendisine sığınmasını büyük bir koz olarak gördü. Beyazıd’ı törenle karşılayan Tahmasb, kendisine bir saray tahsis etti. Ancak daha sonra Tahmasb, Selim ve Kanuni arasında Bayezid’in teslimi konusunda yazışma ve pazarlıklar yaptı. Tahmasb’ın isteklerinden bir kısmını kabul etmek zorunda kalan Kanuni, ona 1 milyon 200 bin altın ödeyeceğini ve Kars Kalesi’ni bırakacağını vaad etti. Ayrıca Selim de padişah olduğunda, İran’la dost kalacağına dair bir ahidname vermiştir.
BEYAZID’IN DRAMATİK SONU
Anlaşma sağlanınca Kazvin’e giden Osmanlı elçileri 25 Eylül 1561 tarihinde önce Bayezid’i ardından da oğullarını boğarak öldürdüler. Bayezid ve oğullarının cenazeleri Sivas’a getirilerek surların dışında bulunan “Melik-i Acem türbesi”‘ne defnedilmiştir. Bu türbe Abdulvahabi Gazi Camii içerisinde bulunur. Şehzade Bayezid’in ölümünden sonra Bursa’ya nakledilen karısı bir kale içinde bekletilmiş ve yanında bulunan üç yaşındaki oğlu da öldürülmüştür.