Saruhan, Amasya, Konya sancak beyliklerinde bulunmuştur. Babasının tahtına göz dikmekle suçlanmış; Nahcıvan seferi’ne giden Osmanlı ordusunun Konya’da konakladığı sırada, padişahın otağında boğdurulmuştur. Katli, devlete isyan suçundan dolayıdır; ancak deliller ve şahitler konusunda tartışma bulunmaktadır. Hürrem Sultan’ın tahta kendi oğullarından birini geçirmek için Şehzade Mustafa’ya tuzak kurduğu ve ölümünü hazırladığı iddia edilmektedir.
Şehzade Mustafa 1553’de öldüğünde 38 yaşındaydı.